Aunque esta es una pregunta que a muchos activistas no les gusta nada tener que contestar, la sociedad en general y muchos científicos, muchos de ellos gays, sí que se hacen preguntas en ese sentido. Los activistas arguyen que preguntarse por la razón de la homosexualidad es, de por sí, homófobo; y que es igual de legítimo preguntarse por las razones de la heterosexualidad. En realidad, la investigación tendría que preguntarse no ya por las causas de la homosexualidad en sí, sino por las causas de la orientación sexual en general, sea esta cual sea. Además también razonan que qué más da cuál sea la causa que hace que un determinado número de personas, más o menos el mismo porcentaje a lo largo de todas las épocas históricas, se sienta atraido exclusivamente por personas de su mismo sexo, que lo que importa son las consecuencias sociales que eso ha tenido. Y por último, temen que si se encuentra una razón biológica que explique esta atracción, lo más probable es que, en poco tiempo, los científicos, aliados con una sociedad y un poder homófobo, se empeñen en "curar" esa anomalía. Pero, por otra parte, aquellos científicos gays que investigan y defienden una causa biológica para la homosexualidad, también arguyen que, si se demostrara que la homosexualidad es biológica, esto querría decir que es "natural" y que, por lo tanto, nadie es responsable de ser gay. Según ellos, esto tendría que ser un argumento de peso para que los homófobos "comprendieran" la homosexualidad. El historiador norteamericano John Boswell ha afirmado que "la "homosexualidad-heterosexualidad es la base de todo el discurso moderno sobre sexualidad, tanto científico como social y ético";  
Hay, por tanto, argumentos para todos los gustos, pero lo que quizá es indudable es que un mejor conocimiento de lo que es la homosexualidad puede contribuir a que la sociedad en su conjunto y sobre todo los propios gays y lesbianas, tengan un discurso más racional sobre el tema. La verdad científica está ahí, sea ésta cual sea, y no sirve de nada ocultarla o retrasar su conocimiento. No hay que temer a la verdad y si la homosexualidad tiene una base genética, pues muy bien, y si no la tiene y se debe a cuestiones sociales, educativas, culturales etc. pues muy bien también. Los derechos de las personas homosexuales están por encima de ambas explicaciones. En todo caso, lo que es evidentes es que, en los últimos años se ha producido una explosión de estudios científicos sobre factores biológicos y orientación sexual. Estos estudios, de los que los medios de comunicación se han hecho eco cada vez más en los últimos años, son a veces dificiles de entender en su complejidad científica. Vamos a intentar resumir lo que se sabe al respecto siguiendo el libro de F.M. Mondimore "Una historia natural de la homosexualidad". 

Durante los primeros estadios de desarrollo del feto humano es imposible distinguir de qué sexo se trata. Desde el siglo XIX se pensaba que en la persona homosexual el proceso de la adscripción completa del feto a uno u otro sexo se había producido de manera anormal; la homosexualidad era pues un fallo en el proceso de desarrollo normal del feto. Sin embargo, desde los años 40 se sabe ya que se retiran los testículos al embrión masculino, éste desarrolla órganos femeninos, mientras que si se retiran los ovarios a un embrión femenino, esto no impide que el feto desarrolle los demás órganos femeninos. Es decir, que en el desarrollo predomina el principio femenino y que, a menos que se añada algo, como el tejido testicular, lo que se va a desarrollar es la anatomía femenina. Desde hace muchos años ha quedado patente que en el hombre existe un gen o cromosoma Y (las mujeres tienen dos cromosomas X y los hombres uno X y otro Y) que es el responsable del desarrollo del embrión masculino. El proceso es el siguiente: cuando este gen se pone en marcha al principio del desarrollo, la gónada embrionaria, hasta ese momento indiferenciada, se comienza a convertir en un tésticulo. Cuando esto sucede se desencadenan una serie de acontecimientos: el testiculo segrega dos hormonas (Testosterona y MIH) que, mediante complicados procesos, harán que aparezcan los órganos sexuales masculinos. Lo que hay que resaltar es que en este proceso también están implicados algunos aspectos del desarrollo cerebral. Es decir, y simplificando mucho, las hormonas y la biología femenina o masculina influyen también en determinadas áreas del cerebro y, como después se verá, estas áreas del cerebro pueden condicionar la orientación sexual. Ese es el quid de la cuestión. 
Concretamente los estudios se han centrado en una región del cerebro llamada hipotálamo. El hipotálamo tiene una ubicación clave en el cerebro que determina su estructura y su función. Parece ser que lo que este pequeño órgano hace es servir de traductor y modulador entre el cerebro y los sistemas hormonales. Por tanto, no sería extraño que una de las funciones del hipotálamo fuera regular el comportamiento sexual. Esta es la razón de que la mayoría de los estudios sobre orientación sexual se hayan centrado en el funcionamiento de este órgano. El problema es que los experimentos sobre el hipotálamo se han tenido que hacer sobre ratas. Los científicos descubrieron en los años 70 que destruyendo una serie de células del hipotálamo de las ratas macho se conseguía que éstas perdieran todo interés en las hembras, se volvieran "asexuadas" o castradas. Pero si a estas ratas castradas se les inyectaba testosterona, las ratas machos se comportaban sexualmente como las hembras. Es decir que, según estos estudios, los niveles de determinadas hormonas, podrían alterar la orientación sexual de las personas, tal como ocurre en las ratas. En fin, lo que está por ver es si estos estudios llevados a cabo sobre ratas tienen algo que enseñarnos sobre la sexualidad humana, lo que, según muchos es muy discutible. Hay que tener en cuenta que las conductas de apareamiento en los animales son extremadamente automatizadas y estereotipadas, son "instintivas". Y aunque el ser humano sea deudor, en alguna medida, también de "instintos", lo cierto es que nuestra capacidad social e intelectual es muy compleja y domina a los instintos. El ser humano se caracteriza por "modular" su conducta instintiva.  

 En todo caso hay un estudio realizado no sobre ratas, sino sobre seres humanos y que puede parecer más adecuado. Es el famoso estudio sobre el hipotálamo realizado por el neurocientífico Simon LeVay en 1991. El doctor LeVay es gay, así que sus motivaciones a la hora de realizar este estudio no eran otras que las dichas al principio: demostrar que la homosexualidad es tan natural como la heterosexualidad. En realidad, él partió del hecho ya sabido de que hombres y mujeres tienenun hipotálamo diferente. Partiendo de esto examinó el hipotálamo de una serie de personas y descubrió que el hipotálamo de los gays era similar al de las mujeres más que al de los hombres. El de los gays sería menor que el de los hombres heterosexuales. Esta fue la primera diferencia jamás descrita respecto a la estructura cerebral de los hombres homosexuales y heterosexuales. Luego, por primera vez, se podía hablar de que sí existe una diferencia biológica entre ambos. Él mismo declaró: "la homosexualidad, como la heterosexualidad, se deriva, por lo menos en parte, de interacciones específicas acontecidas durante el desarrollo entre las hormonas sexuales y el cerebro". Sin embargo ¿es posible que un nivel anormalmente alto de hormonas influyan decisivamente en la conducta sexual y no tenga otros efectos en el cuerpo? Parece claro que las hormonas son sólo una parte de un todo. Además, el estudio de LeVay fue criticado por otros científicos. Para empezar, los cuerpos estudiados eran todos de personas que habían muerto de sida, con lo que el tamaño distinto del hipotálamo podría ser una consecuencia de la enfermedad y no algo de nacimiento. Además, nada puede garantizar que, debido a que el cuerpo humano puede cambiar a lo largo de los años a causa de muchos factores, ese distinto tamaño del hipotálamo pudiera ser más bien la consecuencia que la causa de la orientación sexual. Por último, las mujeres lesbianas tenían el hipotálamo del mismo tamaño que las mujeres heterosexuales. Lo cual introduce una duda sobre la orientación sexual de estas. ¿Las causas de la orientación sexual de las mujeres son diferentes de las de los hombres? 

 En definitiva, a pesar de que hay evidencias de que los niveles hormonales durante el desarrollo podrían afectar a la orientación sexual en la vida adulta, también cada vez más, se piensa que la base biológica sólo narraría una parte de la historia de la homosexualidad. Podría enfluir las hormonas, podrían influir también los genes, la herencia, pero todo esto deja de lado algo que es muy importante, el elemento humano. Las dicotomías "innato-adquirido" o "biológico-social" no tienen mucho sentido cuando se aplican a conductas e interacciones sociales que son de una gran complejidad. Lo más probable es que la sexualidad humana (como el lenguaje, como la inteligencia) sólo pueda entenderse como resultado de una interacción muy compleja entre lo innato y lo adquirido, entre la psicología y la biología, entre los genes y el entorno.